《呼吸科医生案头药物速查》尽可能全地收集了目前呼吸科临床上应用的众多药物以及近年来出现的大量新药，并根据本专业的临床规律和药物作用特点进行分章节编排，以突出本专业特点，力争做到本专业涉及的药物最全，与本科关系不大的药物不再收录。
每种药物均按中文名称、英文名称、其他名称、药理作用特点、适应证、用法和用量、不良反应、注意事项、剂型和规格的统一格式进行分项说明。
药理作用类似的同一类药物，排列在前面的详写，后面的简写，以节省篇幅；以某种药物为主组成的复方药物，除特殊情况外，一律附列于该药之后，而不单独列出。
张树林主编的《呼吸科医生案头药物速查》中收录的药物，中文名称都是按照“中国药品通用名称”（CADN）推荐的名称及命名原则命名的，英文名称则尽量采用世界卫生组织（WHO）制定的“国际非专利药品名”（INN），其他各种名称均列入“其他名称”中。另外，书中的药名一般不列出成盐的碱金属（钾、钠、钙等）和酸根（盐酸、硫酸、磷酸等），以突出药物的主要作用基团，并节省篇幅。
书后附有中文药名索引和英文药名索引，把本书所涉药物的中文名、英文名以及所有别名统一编排，以方便读者查找。