消化系肿瘤的起病隐匿，早期症状轻或无，当出现明显症状时往往提示中晚期。消化系肿瘤的临床症状，随肿瘤的发展程度、发生部位以及个体的耐受性不同而不同，表现多种多样。如食管癌的主要症状是咽下困难，胸骨后不适感；胃癌的主要症状是食欲减退，上腹部不适；肠癌的主要症状是腹胀、腹疼、排便习惯和性状改变；肝、胆、胰癌的主要症状是右上腹部疼痛、黄疸、包块等。
但消化系恶性肿瘤的生物学行为是一致的，其临床发展过程一般分三个时期。①无症状期：指从恶性肿瘤细胞出现到患者无任何自觉症状的时期。病理学上包括早期以及小部分的进展期恶性肿瘤。②临床期：指恶性肿瘤细胞异常增殖形成一定大小的肿块，引起患者自觉不适的时期。此期患者会主动就医，被发现为恶性肿瘤后会进行积极的治疗。病理组织学检查包括了从早期到晚期的各种进展期恶性肿瘤。③晚期：此期的恶性肿瘤细胞不仅仅停留在原肿瘤发生脏器还会有其他脏器的转移或浸润，组织脏器功能受到严重损害，无法根治，只能给予姑息性治疗和减轻癌症痛苦的对症处理。