《乳酸菌科学与技术》主要围绕乳酸菌科学与技术的重要主题展开。《乳酸菌科学与技术》分九篇：篇，绪论，主要介绍乳酸菌科学与技术的概况、历史沿革与发展现状；第二篇，乳酸菌的基础生物学，主要介绍乳酸菌的系统分类、生态分布、生理代谢、遗传重组和噬菌体学等；第三篇，乳酸菌的组学，包括乳酸菌的比较基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学；第四篇，乳酸菌的环境生理学，主要涉及乳酸菌对酸、渗透压、温度、氧化应激等环境因子的适应与响应；第五篇，乳酸菌的生物工程，主要包括利用乳酸菌来生产和制备有机酸、维生素、细菌素、脂肪酸等产物；第六篇，乳酸菌的功能挖掘与评价，主要涉及乳酸菌的健康促进、免疫调节与安全保障等；第七篇，乳酸菌的工业应用，主要包括发酵食品、发酵剂制备、医药制剂及饲料制剂等；第八篇，乳酸菌的有关法规管理；第九篇，乳酸菌的实验方法学。