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以大器官为中心、以形态-功能为线索、以临床案例为基础、以问题为导向，将消化系统的有关基础知识（解剖、组胚、生理、病理生理、病理、生化等）进行有机整合，通过理论、实验及PBL三者密切联系的整合式教学模式，使学生对消化系统的大体形态结构、组织细胞的微细结构、生理功能及其机制、病理生理机制、病理人体解剖学变化和药物的作用与效应等内容进行全面综合学习，达到对该系统的基本知识、基本原理和基本技能的融会贯通、深刻理解和较好掌握，为进一步深入学习消化系统疾病临床课程打下坚实的基础。
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