《中药显微鉴定图典》是一部全面介绍常用中药显微鉴定特征的专著，分为总论、各论两个部分。总论介绍了作者团队在显微鉴定领域的探索路程以及中药显微鉴定的标准操作规程。各论分为常用中药、西草药例举以及中成药例举三个部分。其中，常用中药部分收载230种常用中药材的鉴定应用实例；西草药和中成药部分分别例举了10个鉴定应用实例。基本上每个中药材的主要内容包括药材中文名、拼音、药材拉丁名、来源、药材或饮片图、药材横切面简图（墨线图）、组织特征详图（标注主要部位，并对其作解释）、粉末特征图（包括明视野和偏光显微数码照片，并对每个文末特征作解释，标号按特征主次顺序排列）和鉴别要点，部分品种还设有“附注”项，阐述混淆品和多来源品种的显微特征的鉴别与区分。
本书所有的显微鉴定结果均配有借助现代数码相机拍摄的彩照，形象直观、简洁明了，与清晰准确的传统墨线简图左右对照，配以精炼的文字描述，让读者能更好地理解把握显微鉴定特征。同时，本书还从程度上了反映了偏光显微鉴定、荧光鉴定、显微化学技术等新进展，是近年来中药显微鉴定新进展的集大成者。