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全书分上下两篇，上篇为总论，介绍肠道微生物研究现状与进展、细菌学、细菌生理功能 、 肠道屏障生理功能和屏障功能障碍、肠道细菌生态平衡和生态失调、细菌诊断、肠道微生物与食物消化和营养吸收、肠道微生物与药物代谢、肠道微生物与免疫、肠道微生物与炎症。下篇为肠道微生物与消化系统疾病和肿瘤各论 ，分别详尽介绍肠道微生物与胃肠、肝胆胰疾病和消化系肿瘤的相关性的研究现状和诊治。
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